被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。他们为了生存制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行。
经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少年谷风长道自祖父死后而来到上层市区。并入学巨大人型兵器“卫人”的操控师训练学校，这也是谷风长道首次与外界人接触。
令谷风长道首次抱有异性意识的女性是星白闲，谷风长道首次的友人是无性别的科户濑伊札那，令谷风长道意识到挫折的少年是岐神海苔夫。
在和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子。遭遇沉寂了100年后的突袭，作为人类的谷风长道将如何抉择？
关乎人类存亡的战斗由此开始了。

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